人胃肠道菌群培养以厌氧培养为核心，需结合样本无氧处理、针对性培养基选择、分离纯化保藏三个核心步骤完成，可根据目标菌种调整培养方案，满足分离鉴定或功能研究的不同需求。
1 样本采集与预处理
常规研究多采集新鲜粪便样本，临床针对性研究也可通过胃肠镜获取胃肠腔内容物或黏膜吸附菌样本。样本采集后需立刻置于添加了半胱氨酸盐酸盐还原剂的无氧保存液中，干冰运输或1小时内移入厌氧工作站处理；处理时先将样本均质化，去除食物残渣等大颗粒杂质后，制备10^-2到10^-6的梯度无菌稀释液，备用。
2 接种与培养
根据目标菌群选择对应选择性培养基：比如拟杆菌用BBE琼脂、双歧杆菌用BS琼脂、乳杆菌用MRS琼脂、肠杆菌科用麦康凯琼脂。接种多采用涂布或划线法，人体胃肠道99%以上为厌氧菌，需置于37℃厌氧环境（配比为80%氮气+10%氢气+10%二氧化碳）培养，普通厌氧菌培养时间为2-5天，慢生长菌种需延长至7天；需氧菌放在普通37℃恒温培养箱培养1-2天即可。
3 分离纯化与保藏
培养完成后挑取形态符合预期的单菌落，重复划线接种2-3次，得到纯种分离株；随后可通过生化反应或16S rRNA测序鉴定种属，确认目标菌株后，加入含20%甘油的液体培养基，置于-80℃超低温冰箱冻存，厌氧菌冻存需保持管内无氧环境，后续使用前需提前复苏传代。
