肠道内有益菌数量减少，是引发腹泻、导致腹泻反复不愈的重要直接原因。
1：正常情况下肠道内有益菌占据优势，既能压制有害菌繁殖，也能保护肠黏膜屏障。一旦有益菌大幅减少，有害菌会失去制约快速增殖，还会释放大量毒素刺激肠黏膜，加快肠道蠕动速度，促使肠腔分泌过多水分，直接诱发腹泻。
2：有益菌本身承担着帮助分解食物、促进营养吸收的作用，当有益菌不足时，未被完全分解的食物残渣会留在肠道里，升高肠道内部的渗透压，把身体组织中的水分大量吸入肠腔，让粪便含水量大幅升高，就形成了稀便、水样便的腹泻症状。
3：有益菌还会参与调节肠道的免疫功能和蠕动节律，有益菌减少后肠道免疫能力下降，对外界刺激的敏感度升高，蠕动节律也会变得紊乱，长期的蠕动过快会让腹泻难以愈合，甚至发展成慢性功能性腹泻。
