菌群失调主要是药物影响、不良生活饮食习惯、自身健康状态改变这三大类因素引发的。
1 药物因素影响。这是临床上菌群失调最常见的诱因，长期大剂量使用广谱抗生素时，药物在杀灭有害致病菌的也会无差别杀死对人体有益的共生菌，直接打破菌群原本的数量和比例平衡；除此之外，长期使用糖皮质激素、免疫抑制剂、化疗药物等，也会改变局部微环境，抑制有益菌生长，诱发菌群失调。
2 不良生活饮食习惯。长期吃高糖、高脂、低膳食纤维的饮食，会因为有益菌生长所需的膳食纤维摄入不足，导致有益菌增殖受限，而适合高油糖环境的有害菌会趁机大量繁殖；除此之外，长期熬夜、烟酒过度、久坐不动，或是私密部位过度清洁冲洗（比如频繁用杀菌洗液冲阴道），都会冲刷掉保护局部的有益菌群，打乱菌群平衡。
3 自身健康状态改变。年龄增长会自然降低体内有益菌的丰度，本身就更容易出现菌群失调；存在糖尿病、慢性肠胃病、自身免疫病等基础病，或是免疫力低下的人群，局部的pH值、免疫环境本来就异于健康状态，更容易让条件致病菌过度繁殖；长期精神压力过大、妊娠等特殊阶段带来的内分泌改变，也会影响菌群稳定，诱发菌群失调。
