醋萝卜发苦主要是原料预处理不当、腌制操作失误、储存变质三类原因造成的。
1. 原料问题和预处理不到位。如果用到了已经老化空心的萝卜，这类萝卜内部的苦味物质芥子甙含量远高于嫩萝卜，本身就带明显苦味；不少人做醋萝卜时，省略了切好后杀水挤苦水的步骤，萝卜原生的生涩苦味没有提前排出，腌好后吃起来就会发苦。
2. 腌制环节调料或操作出错。很多人做醋萝卜会加八角、桂皮这类香辛料增香，一旦放得过量，香料中的苦涩物质会慢慢渗入萝卜中，吃起来就发苦；另外糖醋盐的配比失衡也会引发苦味，糖放得太少没法中和萝卜本身的苦味和醋酸的涩感，盐放得过量也会让整体口味发苦；如果提前熬制醋料时不小心熬糊了，糊底的苦味也会混入醋萝卜里。
3. 储存过程中发生变质。腌制醋萝卜的容器如果没有擦干水分、沾了生水或油污，会导致杂菌入侵繁殖，萝卜变质后不仅会变软发黏，口味也会转为发苦发臭，这种变质的醋萝卜不能继续食用。
