汤圆变红发黄，大多是原料储存不当变质、滋生杂菌代谢出有色色素导致，少数情况是馅料渗色、成分氧化造成的。
1、原料本身带菌变质。做汤圆的主要原料是糯米粉，如果原料存放环境潮湿闷热，很容易滋生酵母菌、枯草杆菌这类能产红、黄色素的杂菌，杂菌繁殖过程中分泌的色素会均匀渗入米粉中，哪怕做成汤圆煮熟后，颜色也会清晰显现出来，这种变色的汤圆其实已经变质，不能再食用。
2、馅料成分引发染色。不少汤圆的馅料本身带有天然色素，比如花生馅的花生红衣、红糖馅的红糖色素，如果汤圆煮制的时候表皮轻微开裂，色素就会渗到表皮上把汤圆染成红黄；另外放久了的馅料，尤其是含油量高的黑芝麻、花生馅，油脂氧化变质后也会析出深色物质，浸染表皮让汤圆变黄变红。
3、后期储存不当加重变色。自己在家做的汤圆或是市售速冻汤圆，如果没有做好密封包装，长期放在冰箱冷冻室里，不仅会沾染冰箱里的其他杂菌，还会因为反复化冻复冻、环境湿度大，让糯米表皮吸潮，给杂菌繁殖创造条件，放的时间越长越容易出现发黄发红的情况。
